В ночь на 6.09.1941 'С-32' едва не столкнулась с эскортом вражеских транспортов "Тампико" и "Суперга". Обнаружив их вахтенный объявил боевую тревогу, решив стрелять из надводного положения. Старшина несший вахту на центральном посту, не понял команду и открыл кингстоны и вентиляцию цистерн главного балласта. Командир лодки не сразу заметил погружение и приказал всплывать, когда вода уже подступила к рубочному люку. В последний момент вахтенный успел спрыгнуть вниз и задраить люк, оставив на мостике четырех человек верхней вахты. Через полторы минуты 'С-32' вновь всплыла, но вахтенных на поверхности не оказалось.

В свой последний поход лодка отправилась из Новороссийска 26.06.1942 года в 9:18. В Севастополь она не пришла. Есть предположение что лодка была потоплена асами люфтваффе 100 бомбардировочной авиационной эскадры на переходе из Новороссийска в Севастополь, а перевозимый лодкой груз, а это 40 тонн боеприпасов и 30 тонн бензина, способствовал ее быстрой гибели. На борту 'С-32' находилось 55 членов экипажа. Всего 'С-32' доставила в осажденный Севастополь: 320 тонн боеприпасов, 160 тонн продовольствия и бензина, а также эвакуировала 140 раненых бойцов.